Le recueil du rapport d’activité des laboratoires de cytogénétique a évolué à partir de 2019. A compter de cette date, les laboratoires transmettent à l’Agence de la biomédecine des informations détaillées au niveau du fœtus et non plus des données agrégées par indication, prélèvement et résultat. Cette évolution a été mise en œuvre dans un souci de simplification du processus de production des informations au niveau des laboratoires.
Ce changement a eu plusieurs conséquences :
- Le recueil n’est plus réalisé au niveau du prélèvement mais du fœtus, pour lequel plusieurs prélèvements peuvent avoir été réalisés ;
- En 2019, deux laboratoires ont été dans l’impossibilité de transmettre leur rapport d’activité à la suite du changement de format ;
- En cas d’indications multiples, les règles de priorité ont été revues pour tenir compte au mieux de la nouvelle réglementation en vigueur pour le dépistage et le diagnostic prénatals de la trisomie 21.
Deux points d’attention :- Les règles de priorité données dans le rapport d’activité étaient différentes avant 2019 ;
- Les indications rapportées dans les résultats correspondent à ce que le laboratoire a renseigné, même en cas de suspicion d’incohérence avec ces règles de priorité.
En 2021, 15 422 fœtus ont eu un examen du caryotype à partir d’un prélèvement invasif. Le nombre de prélèvements pour caryotypes fœtaux (Figure DPN3) semble atteindre un plateau après une diminution marquée (-64,3%) entre 2013 et 2020. Cette diminution semble assez bien corrélée à la montée en charge de l’utilisation du dépistage par ADNlcT21 (Tableau DPN11).
Une partie de la diminution du nombre de caryotypes peut également être mise sur le compte d’une évolution des pratiques des laboratoires qui ne réalisent plus de caryotype systématique devant un signe d’appel échographique, mais uniquement l’analyse chromosomique sur puce à ADN qui est pratiquée sur un prélèvement invasif (ACPA ; figure DPN4). En effet, 29,7% des fœtus ont bénéficié d’un examen par ACPA non assorti d’un caryotype en 2021, contre 26% en 2020. En 2021, un examen par ACPA est pratiqué dans 59,4% des examens de cytogénétique prénatale. Au total, le nombre de prélèvements pour analyse chromosomique fœtale augmente en 2021 comparé à 2020 (+6,4% ; figure DPN4)
L’amniocentèse reste en 2021 la modalité de prélèvement la plus fréquente (Tableau DPN9). Elle est réalisée pour 69,8% des analyses chromosomiques, alors que la biopsie de villosités choriales est réalisée dans 28,4% des cas, le prélèvement de sang fœtal représentant 0,6% des prélèvements.
Les résultats présentés dans ce chapitre regroupent les informations transmises pour les fœtus pour lesquels un examen de caryotype a été réalisé, accompagné ou non d’une ACPA. Les ACPA réalisées seules sont exclues et font l’objet d’un chapitre particulier.
Depuis 2017, nous observons une augmentation du nombre de diagnostics prénatals de trisomie 21 (1 967 en 2017, 2 199 en 2021), ceci dans un contexte de diminution du nombre de naissances et d’augmentation de l’âge des mères (données Insee) (tableaux DPN1 et DPN10). Rappelons qu’en 2021, plus de 85% des femmes enceintes ont bénéficié d’un dépistage par MSM (voir chapitre « Activité des laboratoires réalisant le dosage des marqueurs sériques maternels »).
Parallèlement, les indications du caryotype fœtal se sont modifiées en fonction de l’évolution du dépistage de la trisomie 21 (Tableau DPN11). A partir de 2017, le pourcentage de trisomies 21 diagnostiquées après l’examen de l’ADNlc augmente de façon importante, passant de 23,1% en 2017 à 36,5% en 2021 (Tableau DPN15).
En 2021, 40,9% des diagnostics de trisomie 21 ont été posés à la suite d’une biopsie de villosités choriales (Figure DPN5), c’est-à-dire très précoce ; cette proportion traduit principalement la part des trisomies 21 dépistées par des anomalies échographiques. On observe une diminution progressive au fil des années de cette proportion (47,5% en 2014 ; 43,8% en 2016 ; données non présentées). Ce chiffre restera intéressant à surveiller dans les années à venir, en sachant que les recommandations préconisent une amniocentèse plutôt qu’une biopsie de villosités choriales lorsque le dépistage par ADNlc est positif.
Les trisomies 13 et 18 restent en très grande majorité diagnostiquées sur signes d’appel échographiques (Tableau DPN15), leur nombre absolu (autour de 900 par an) est assez stable. Plus de la moitié des diagnostics sont faits sur villosités choriales donc au 1er trimestre de la grossesse (Figure DPN5).
Le nombre de cas de syndrome de Turner et syndromes associés diagnostiqués en prénatal est variable au fil des années (255 en 2017 ; 286 en 2021 ; tableau DPN10). Plus de 90% d’entre eux sont repérés sur signes d’appel échographiques dont près de la moitié avec une clarté nucale supérieure à 3,5 mm (Tableau DPN15).
Le diagnostic prénatal des autres dysgonosomies (syndrome de Klinefelter et associés, trisomie X, 47,XYY et associés), en constante diminution entre 2017 (n=92) et 2020 (n=51), augmente en 2021 (n=84 ; tableau DPN10). La baisse était mise sur le compte de la diminution du nombre de prélèvements invasifs aboutissant au diagnostic fortuit de ces anomalies du nombre des chromosomes sexuels. Les variations continueront d’être suivies.
La diminution du nombre d’anomalies chromosomiques a priori équilibrées identifiées en prénatal (392 en 2017 et 316 en 2021 ; tableau DPN10) peut être en lien avec la diminution du nombre de prélèvements invasifs en vue de l’établissement du caryotype fœtal ainsi qu’au recours plus fréquent à l’ACPA sans caryotype associé lors de signes d’appel échographique.
Le diagnostic des « autres anomalies déséquilibrées », incluant les « tri et tétraploïdies », est important à considérer car il s’agit le plus souvent d’anomalies dont le pronostic est sévère. La diminution du nombre absolu observée depuis 2017 (n=582), poursuivie jusqu’en 2020 (n=543) n’est pas confirmée en 2021 (n=651). Cet indicateur fera l’objet d’un suivi.
Au total, en 2021, le nombre de diagnostic prénatal d’anomalies chromosomiques déséquilibrées, hors « autres dysgonosomies », augmente (+9,4% entre 2017 et 2021), tandis que le nombre de diagnostics des anomalies de bon pronostic découvertes fortuitement diminue.
Le tableau DPN13 évalue la fréquence des anomalies déséquilibrées diagnostiquées rapportées au nombre de caryotypes réalisés par indication, à partir de la répartition des caryotypes selon l’indication (Tableau DPN11) et de la répartition des diagnostics par caryotypes (Tableau DPN12). Il apparaît ainsi clairement que les indications du diagnostic prénatal chromosomique, avec la stratégie actuelle de dépistage, permettent d’améliorer le rendement diagnostique avec en 2021, 26,9% des caryotypes réalisés qui présentent une anomalie déséquilibrée (comparé à 20,2% en 2017).
Il est intéressant de noter qu’en 2021, 76,9%, soit 912 des 1 186 caryotypes réalisés pour un « dépistage positif d’aneuploïdie sur ADNlc », ont montré la présence d’une anomalie chromosomique fœtale déséquilibrée. En comparaison, 51,4% des caryotypes réalisés dans le cas d’une clarté nucale ≥3,5mm avant 13SA, 22,1% des signes d’appel échographiques (hors CN≥3,5MM) et 17,5% des marqueurs sériques seuls avec risque >1/50 aboutissent à l’identification d’une anomalie chromosomique déséquilibrée.
Concernant le diagnostic de la trisomie 21, 67,6% des caryotypes réalisés pour un « dépistage positif d’aneuploïdie sur ADNlc » ont identifié la présence d’une trisomie 21 fœtale ; ce taux est bien supérieur pour les grossesses singletons (70,6%) que pour les grossesses multiples (47%) (Tableau DPN14). L’évolution de cet indicateur fera l’objet d’un suivi.
Les résultats du caryotype en fonction du dépistage d’aneuploïdies sur ADNlc indiquent qu’en 2021, 666 des 807 ADNlcT21 positifs ont été confirmés par l’analyse du caryotype fœtal, soit 82,5% (Tableau DPN16) ; pour rappel le taux de confirmation atteignait 84,3% en 2020. Dans 15,8% des cas, le résultat du caryotype fœtal ne confirme pas le diagnostic, soulignant l’importance de la réalisation d’un diagnostic prénatal invasif de confirmation du dépistage utilisant l’ADNlc. Les données présentées dans le tableau DPN16 montrent également l’existence de faux négatifs et en 2021, 18 examens de l’ADNlc sont rapportés négatifs, alors que le résultat du caryotype fœtal établit le diagnostic de trisomie 21. Ce chiffre est supérieur aux années antérieures (6 en 2020) et ces données feront l’objet d’un suivi.
Nous observons (Figure DPN4) une augmentation continue de l’utilisation de l’ACPA avec 13 030 examens en 2021 contre 10 533 en 2019 (+23,5%). Depuis 2019, une ACPA est réalisée, seule ou associée à un caryotype, dans plus de la moitié des examens prescrits en cytogénétique prénatale.
Cette utilisation s’inscrit essentiellement, à ce jour, dans le cadre d’un signe d’appel échographique. Il est à noter que contrairement au caryotype, cet examen, en cours d’évaluation par la Haute Autorité de Santé (HAS), n’est pas à la nomenclature des actes de biologie médicale pour cette indication alors que son utilisation en situation prénatale s’est largement renforcée depuis plusieurs années. L’intérêt de cet examen est d’identifier des anomalies chromosomiques de petite taille non décelables par le caryotype.
Les résultats de 13 020 ACPA réalisés en 2021 sont présentés dans le tableau DPN17. Le taux d’anomalies pathogènes diagnostiquées en 2021 est de 7,4% (n=959) toutes indications confondues. De plus, 0,9% des examens effectués aboutissent à l’identification d’un variant de signification inconnue (VSI).
Dans le cas de signes d’appel échographiques hors clarté nucale ≥3,5mm, une anomalie pathogène est identifiée dans 6,7% et un VSI chez 0,9% des fœtus étudiés. L’observation d’une clarté nucale ≥3,5mm avant 13 SA est associée à la découverte d’une anomalie pathogène dans 9% des cas. Un nombre limité d’ACPA est réalisé à la suite d’un dépistage par ADNlc positif (n=122) ou non exploitable (n=17), permettant le diagnostic d’une anomalie chromosomique dans respectivement 20,5% et 0% des cas.
Enfin, une anomalie du caryotype peut constituer l’indication de l’ACPA ; dans ce cas, plus de la moitié des examens confirment l’anomalie chromosomique.
